شاید عنوان این بحث کمی عجیب به نظر برسد و گمان برود آزاد‌اندیشی مذهبی امری در چارچوب روابط بین مذاهب و ادیان است و ربطی به خداناباوران ندارد.
حتی برخی نگاه‌های متعصب که علیه خداناباوران فعالیت می‌کنند این‌گونه می‌اندیشند که مذاهب می‌توانند اتحادی با هم علیه دین‌ناباوران و خداناباوران شکل دهند.
به عنوان نمونه می‌توان به دیدار علیرضا اعرافی، مدیر حوزه‌های علمیه، با پاپ فرانسیس، رهبر کاتولیک‌های جهان، در خرداد ۱۴۰۱ اشاره کرد که در آن ملاقات، اعرافی، در نگاهی سراسر منفی، خداناباوری را یک «چالش» برشمرد و خواستار «اتحاد ادیان» مقابل آن شد.
اما واقعیت این است که اگر احترام به تنوع مذهبی و عقیدتی نه ناشی از تعارف بلکه برآمده از لزوم آزادی انتخاب و احترام به فردیت انسان‌ها باشد، ناگزیر یک خداناباور و دین‌ناباور نیز از پیامدهای مثبت آزاداندیشی مذهبی برخوردار خواهد بود.
چگونه می‌توان احترام به تنوع مذهبی و عقیدتی را به عنوان یکی از اصول پایه‌ای آزاداندیشی شناخت اما حقوق خداناباوران را پاس نداشت؟
به وضعیت بهائیان در جامعه ایران نگاه کنیم. تحت آزار سیستماتیک و تبعیض گسترده. حتی قبرستان‌های آن‌ها از ستمگری جمهوری اسلامی در امان نیست. مسلمانان آزاداندیش بارها از لزوم رفع ستم علیه بهائیان گفته‌اند با اینکه خود به آیین بهایی باور ندارند.
آیا نمی‌توان تصور کرد که یک بهائی باورمند یا یک مسلمان باورمند دقیقا قائل به همین آزادی انتخاب در باور و عقیده برای یک خداناباور باشد بدون اینکه لزوما خود، معتقد به خداناباوری باشد؟
این حق، بخشی از حقوق بشری ِ اساسی است که هر فردی، صرف نظر از اعتقاداتش، باید از آن برخوردار باشد.
وقتی که صحبت از حقوق بشر و آزادی بیان می‌شود، نباید فراموش شود که این حقوق دقیقا برای همه افراد است، نه فقط کسانی که به یک مذهب خاص اعتقاد دارند.
آزاداندیشی مذهبی صرفا به معنی احترام به مذاهب متفاوت نیست بلکه این یعنی احترام به صاحبان تمامی باورها. این شامل حقوق خداناباوران نیز می‌شود که حق دارند بی‌اعتقادی خود را بدون ترس از تبعیض یا آزار بیان کنند.