اکبر باقری نخستین بار خردادماه ۹۶ در منزل شخصیاش در کرمانشاه بازداشت شد و پس از حدود دو ماه بازجویی و تحمل سلول انفرادی با قرار وثیقه به صورت موقت آزاد شد. دگرباره در زمستان همان سال مقابل مجلس شورای اسلامی در تهران بازداشت شد و این بار در زندان اوین حدود ۵۰ روز در بند ۲۰۹ انفرادی کشید و بازجویی شد. این بار نه تنها به قرار وثیقه آزاد نشد بلکه پیش از صدور حکم قضایی در دادگاه، مستقیم به بند ۴ زندان اوین منتقل شد.
پس از چند ماه حضور در زندان و در یک روند عجیب تازه در تابستان دادگاه رسیدگی به اتهامات اکبر باقری در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب برگزار شد و قاضی صلواتی به اتهامات سیاسی همچون «تبلیغ علیه نظام» یا «اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی» او را به ۹ سال زندان محکوم کرد. دادگاه تجدیدنظر عینا حکم قاضی صلواتی را تایید کرد ولی اجازه داد با وثیقهگذاری ۲۵۰ میلیون آزادی موقت داشته باشد که صلواتی مانع شد و باقری را در زندان نگاه داشت.
در اردیبهشت ۹۸ هم اکبر باقری را، که یک دختر کوچک دارد و اشتغال و زندگیاش در کرمانشاه است، به زندان بدنام فشافویه منتقل کردند که به نام «زندان تهران بزرگ» مشهور است.
در اعتراض به انتقال به زندان فشافویه در اردیبهشت ۹۸ اکبر باقری علیرغم ابتلا به بیماریهای مختلف دست به اعتصاب غذا زد. انتقال به فشافویه البته یکی از دلایل اعتصاب او بود. طبق آنچه خبرگزاریهای حقوق بشری گزارش میدهند، «عدم رسیدگی به پرونده در دیوان عالی» و نیز عدم رسیدگی به بیماریهای مختلف او که از جمله به کبد و کلیه او باز میگردد از دیگر علل اعتصاب بودند.
اکبر باقری حدود دو هفته در اعتصاب غذا به سر برد ولی هیچ ترتیب اثری به اعتراضات او داده نشد. بر اثر اعتصاب غذا وضعیت بدتری از لحاظ سلامت جسمیاش پیدا کرد ولی باز او را به بیمارستان انتقال ندادند. انتقال زندانی به بیمارستان از بدیهیترین و اولیهترین حقوق یک زندانی است که در جمهوری اسلامی ممانعت از آن عملا تبدیل شده است به ابزار فشار روی زندانی.
باقری نهایتا به علت درد شدیدی که در قفسه سینه احساس کرد در پاییز ۹۹ به بیمارستان منتقل شد. در آنجا او را با دستبند و پابند به تخت بسته بودند. در اینجا بود که خبرگزاری حقوق بشری هرانا گزارش داد که نیروهای سرکوب برای بازکردن دستبند و پابند طلب پول کرده بودند و اگرچه خانواده اکبر باقری این مبلغ را پرداختند ولی باز از بازکردن دستبند و پابند خودداری کردند و وضعیت چنان برای اکبر باقری سخت و تحملناپذیر بود که خود درخواست کرد به زندان بازگردد.
در مهر ۱۴۰۰ بود که «کانال صنفی معلمان» گزارش داد که اشرار به برخی از زندانیان سیاسی در زندان فشافویه حمله کردند که اکبر باقری هم شامل این دسته از زندانیان سیاسی بود. طبق گزارش این کانال در عصر ۱۶ مهر ۱۴۰۰: «زندانیان سیاسی محبوس در تیپ دو زندان تهران بزرگ، به وسیله تعدادی از زندانیانی که به اتهام شرارت در ان زندان نگهداری میشوند مورد ضرب و جرح قرار گرفتند. در این حمله زندانیان سیاسی شاپور احسانیراد، پویا قبادی، اسماعیل گرامی، اکبر باقری و اکبر شیرازی مورد آسیب جدی قرار گرفته بطوری که پویا قبادی، اکبر باقری و اکبر شیرازی برای مداوا به بهداری زندان منتقل شدند.»
نکته جالبتوجه در اینجا و طبق این گزارش این است که پیش از این اتفاق، زندانیان سیاسی در دیدار با مسئولان زندان فشافویه از «عدم تامین جانی» خود شکایت کرده بودند و خواستار انتقال به یک بند دیگر از این زندان بودند. خواستهای که به آن بیاعتنایی شد و اتفاق بالا رخ داد.
اجرای اصل تفکیک جرائم و لزوم حفظ امنیت زندانیان نیز از دیگر حقوق بدیهی زندانیان است؛ ولی در مورد مشخص اکبر باقری دستکم این دو مورد نقض شدهاند و اگر این به آن مورد بالا که نقض حقوق پزشکی او بوده اضافه شود، میتوان به حجم بالای نقض حقوق زندانیان در جمهوری اسلامی پی برد و از اکبر باقری به عنوان یک نمونه مثال زد.