اگر در معاینات پزشکی مشخص شود که زندانی دچار بیماری حاد و ضعف جسمی شدید است – در صورت تشخیص پزشک معتمد – برای او «عدم تحمل زندان» اجرا می‌شود. به این معنی که با آن وضعیت و لزوم انجام معالجات و درمان در خارج از زندان، به دستور قاضی دادگاه صادرکننده حکم، تا رفع این وضعیت عدم تحمل زندان، اجرای حکم او به تأخیر می‌افتد. بر اساس ماده ۵۰۳ آئین دادرسی کیفری هم، در صورتی که محکوم در زندان دچار بیماری جسمیِ لاعلاج یا بیماری روانی شود و بنا به نظر پزشک یا روانشناس، ادامه اجرای حکم، وضعیت او را وخیم‌تر کند، قاضیِ اجرا، باید دستور توقف حکم را صادر کند و زندانی را تا زمان بهبودی آزاد کند. همچنین اگر پزشک یا روانشناس زندان تشخیص دهد که بیماری جسمی یا روانی زندانی، در حدی است که نگهداری او در بازداشتگاه یا زندان برای او یا دیگر زندانیان خطرناک است، یا امکان دارد حبس موجب تشدید یا تأخیر در بهبودی او شود، یا ممکن است پزشک یا روانشناس زندان به این نتیجه برسد که مداوای زندانی در خارج از زندان ضروری است، باید مراتب را به قاضی اجرای احکام و مرجع قضائی گزارش دهد. همچنین اگر پزشک تشخیص دهد که زندانی به علت سالمندی، یا به سبب ناتوانی جسمی و روانی، یا به دلیل داشتن اختلال هویت جنسیتی باید در شرایط و با امکانات خاص نگهداری شود، شورای طبقه‌بندی موظف است برنامه‌هایی را متناسب با مشکلات و نیازهای او تنظیم و ابلاغ کند و در حد امکان او را جدا از سایر زندانیان، در یک اتاق مستقلِ مجهز به امکانات لازم، نگهداری کند. طبق ماده ۳۶ آئین‌نامه اجرایی سازمان زندان‌ها و اقدامات تأمینی و تربیتی کشور، نباید هیچ گونه تبعیضی نسبت به این زندانیان با زندانیان سالم اعمال شود. این قبیل زندانیان هم مانند سایر زندانیان، حق استفاده از هواخوری، سالن ورزشی و سایر امکانات زندان را دارند و این امکانات باید برایشان فراهم شود.